Obwohl viele Autoren den Pilz früher für giftig hielten, war er Bestandteil in zahlloser Salben und Tränke zur Behandlung von Gicht (deshalb auch der Name Gichtschwamm), Epilepsie und entzündlicher Geschwüre. Außerdem hielt man ihn für äußerst krebswirksam (Arora 1996) . Bereits die alten Autoren Hieronymos Bock (16.Jh.), Mattioli (16.Jh.) und Adamus Lonitzer (17.Jh.) sollen den Pilz in ihren natur- und heilkundlichen Werken erwähnt haben (Molitoris 1978). Der Pilz ist ungiftig. So konnte Krombholz (1831) bei Fütterversuchen an Tier mit verschiedenen Tierarten und beim Menschen keinerlei Giftwirkung feststellen. Er erwähnt, dass die gebratene voll entwickelte Stinkmorchel von Geruch her an Mohnsaft erinnere. Außerdem ist bei ihm zu lesen, dass die Stinkmorchel die "Brunstkugelüber der Erde", die Hirschtrüffel aber diejenige

die unter der Erde sei. Die medzinische Verwendung des Pilzes ist vorallem in Osteuropa verbreitet. In Litauen wurde er zur Behandlung von Wunden, Magenschleimhautzentzündungen, Asthma und weiteren Beschwerden genutzt. 

In Rußland gibt es eine Patentschrift, nach der der Extrakt des Pilzes  zur Hemmung verschiedener humaner und bei Vögel auftretender Grippeviren eingesetzt wird (Teplyakova et al. 20012). In der traditionellen russischen Volksmedizin gilt der Pilz seit jeher aks krebswirksam. Inzwischen gibt es eine ganze Reihe Publikationen, insbesondere von S.Kuznecovs und G.Kuznecova zu seinem Einsatz zusammen mit konventioneller Chemotherapie bei Brustkrebs, Lewis-Lungen_Karzinom und weiteren Krebserkrankungen. Die Autoren postulieren außerdem, dass es durch Krebserkrankungen vermehrt zur Bildung von Thrombosen kommt und dieser Effekt unteranderen Auswirkungen auf die Bildung von Metastasen zeigt. Die Stinkmorchel soll insbesondere durch das darin enthaltene Polysaccarid PL-2 deren Bildung hemmen und so auch den Tumorprozess beeinflussen. In Zusammenhang mit einer Entfernung der Brust 

und verdächtiger Lymphknoten kommt es oft zur Ausbildung eines Lyphmödems.

Kuznecova et al.(2007) konnte bei der Prävention und Behandlung dieses Krankheitsbildes gute Erfolge durch Verabreichung des Pilzsaftes erzielen.

Der Saft des Pilzes ist in Rußland komerziell erhältlich. Der Pilz gilt dort als derart vielversprechend, dass er sogar gezüchtet wird. In Lettland kann man ebenfalls eine fermentierten Stinkmorchelsaft kaufen, der offenbar aus noch Eistadium befindlichen Pilzen hergestellt wird. Liest man die Indikationsliste, so ist dieser gegen Entzündungen, Krebserkrankung, Frauenleiden, zur Steigerung des Immunsystems und zur Senkung Blutcholesterinspiegel und Bluthochdruck einsetzbar. In Osteuropa sind auch Salben mit der Stinkmorchel erhältlich. Aus der TCM stammt folgende Rezeptur : etwa 200g des frischen werden in 500ml hochprozentigen Alkohol gegeben und für mindestens 10 Tage stehen gelassen. Dann die Pilze entnehmen (auspressen). offenbar trank man davon etwa 10ml dreimal täglich. Auch bei Porscher (1854) findet sich die innerliche Anwendung einer Tinktur bei Beschwerden im Lendenwirbelbereich.

Des weiteren wird die Anwendung des Pilzes bei Nierenkoliken erwähnt. 

Der ungarische Ethnomykologe Zsigmond beschrieb 2005 die volksheilkundliche Verwendung verschiedener Pilze. Er beschreibt den Einsatz des Pilz in Form einer alkoholischen Einreibung bei Rheuma. Getrocknete Pilze wurden in Milch eingeweicht und diese zur Behandlung entzündeter Euter verwendet. Zum selben Zweck wurde er auch geräuchert. In der Gegend von Transsylvanien wird der Pilz außerdem zur Behandlung von Ohrenschmwerzen eingesetzt. In Indien sollen die in Wasser zerdrückten Fruchtkörper des Pilzes zur Behandlung von Typhus und Lebersstörunge verwendet werden (1 TL der Tinktur 3 mal täglich).

Leicht einsichtig ist die Tatsache, warum dem Pilz überall seine aphrodisierende Wirkung nachgesagt wurde. Die Signaturenlehre griff die eindeutige Fallusform auf und unterstellte dem Pilz eine entsprechende Wirkung

(Birkfeld 1954). Krombholz (1831) erwähnt neben der vorhergehenden Verwendung der pulverisierten Hexeneier als Brunstmittel bei Tieren. Bei eigenen Versuchen an Tieren und an Menschen konnt er er keine Wirkung feststellen.

Petrova et al. (2008) beschäftigten sich mit Pilzinhaltsstoffen die die Aktivität des Proteins NF-kB beeinflussen. Dieses wirkt als Transkriptionsfaktor und spielt eine große Rolle bei Entzündungsreaktionen, der Zelldifferenzierung und Bildung von Tumoren und Metastasen. In der Publikation liefern sie Hinweise, dass eine Polysaccaridfraktion (Glucomannan Pl-2) aus der Stinkmorchel krebswachstumshemmend wirkt, indem es den Abbau des Hemmproteins deutlich einschränkt (Wasser et al. 1999). Das Hemmprotein greift über die Beeinflussung weiterer Zellbodenstoffe in viele zelluläre Prozesse, die an der Krebsentstehung beteiligt sind, ein.

Kuznecovs et al. (2000, 2004) konnten mit einem Spray aus dem Extrakt der Fruchtkörper die Metastasenbildung beim Lewis-Lungenkrebs vermindern, außerdem zeigten sie, dass ein Saft aus frischen Fruchtkörpern die Gefahr von Thromboembolien (Gefäßverschluß durch ein Blutgerinnsel) bei Krebspatienten verringert. Interessant ist das Karo bereits 1930 von seinen Erfahrungen bei der Behandlung von Symptomen im Zusammenhang mit Krebserkrankungen berichtet. Hierfür nutzte er unteranderem ein "Gärungsprodukt" aus dem Rotbraunen Milchling Lactarius (Agarius) rufus, der Stinkmorchel und dem echte Hausschwamm Serpula (Merulius) lacrymans, dem er verschiedene Metallsalze zusetzte. Letztlich favorisierte er schließlich eine Kombination aus intensiv bestrahltem Eiweiß der Sojabohne und kolloidalem Gold und Kieselsäure. Nach seinen Angaben konnte er durch wiederholte Injektion dieses

Mittels den Zustand des Krebskranken, insbesondere deren Schmerzen wesentlich bessern. Homöopathisch wird der Pilz bei Augenerkrankungen eingesetzt.